Александрийский Музей (или Мусейон) основанный, вероятно, при Птолемее I Сотере (по другим — при Птолемее II Филадельфе), представлял собой государственное учреждение, находившееся под покровительством царя и являвшееся научным центром (нечто вроде научно-исследовательского института) в эллинистический период.

Учреждению его много способствовал философ Димитрий Фалерийский, ученик перипатетика Феофраста. Прототипом Александрийского Музея послужил частный музей, устроенный в Афинах на средства, оставленные Феофрастом, и рассчитанный на известное число человек, которые должны были жить в нём, платя за доставляемые удобства своей научной деятельностью. Под Александрийский Музей была отведена часть дворцовых построек вдоль гавани; было сделано много пристроек, построена капелла для муз (собственно музей, ), разбита аллея (), а для совместных занятий возведена открытая с боков, но крытая сверху зала (). В состав Александрийского Музея входили ещё анатомический кабинет, ботанический и зоологический сад и, быть может, астрономическая башня. С Александрийским Музеем была слита и основанная независимо от него Александрийская библиотека.

Во главе Александрийского Музея стоял начальник, назначавшийся из жреческого сословия царём; в дела науки он, однако, не входил, и ни один жрец не передал потомству даже своего имени. Число членов Александрийского Музея не было определено уставом: при Филадельфе их было около 50, позднее больше. Доступ в Александрийский Музей был труден и зависел всецело от воли царя. Этим объясняется преобладание той или другой научной деятельности в стенах Александрийского Музея, появление в нём тех или других учёных. Иногда учёные изгонялись из Александрии, но это были исключительные случаи. Вообще Александрийский Музей и его члены пользовались уважением всех просвещенных людей того времени. Судя по некоторым данным, члены Александрийского Музея получали жалованье от управления музея, но был у них и собственный фонд.

Сперва (при Птолемеях), Александрийский Музей был исключительно храмом науки, хранителем её; его члены имели задачей двигать науку, а достигалась эта цель путем научных споров, бесед, лекций и одиночной работы. Философия, филология (в широком смысле), математика, медицина, история, поэзия — одним словом, вся тогдашняя наука нашла себе приют в Александрийском Музее, первоначально напоминавшем своей деятельностью современные академии наук. Директора библиотеки избирались из среды членов Александрийского Музея и состояли в этой должности обыкновенно до смерти. При Птолемеях библиотекарями состояли Зенодот Эфесский, Каллимах из Кирены, Эратосфен, Аполлоний Родосский, Аристофан, Аристарх Самофракийский.

При римских императорах чисто научный характер Александрийского Музея постепенно отодвигается на задний план. Александрийский Музей начинает служить общеобразовательным центром, напоминая современные университеты. Сюда стремилась молодежь со всех концов римского «земного шара». Некоторые отрасли науки продолжали, однако, самостоятельно развиваться и в эту пору, например, медицина, математика, естествознание. При Каракалле были изгнаны из Александрийского Музея философы, преподававшие учение Аристотеля. После смерти Каракаллы они были возвращены и ход занятий Александрийского Музея восстановлен. При императоре Аврелиане была разрушена та часть города, где находился Александрийский Музей, тем не менее он продолжал существовать и в начале христианской эпохи. Временное оживление язычества при Юлиане лишь ненадолго отсрочило гибель Александрийской библиотеки и Александрийского Музея; с конца IV в. мы не имеем известий ни о той, ни о другом.